¿Por qué la ventana de plantación pone mi cultivo compañero al lado del principal y no encima?

Porque la pestaña Mapa de cultivos de la ventana busca camas libres, así que aleja al compañero del cultivo principal. Coloca los compañeros desde el Mapa de cultivos: basta con arrastrar, y el cultivo principal no se mueve.

En el Mapa de cultivos, haz clic en Asignar plantación, elige Intercalado en Filtrar y arrastra el compañero sobre la cama del cultivo principal. Todas las camas lo aceptan, incluso una llena. Los pasos están en Coloca tus plantaciones intercaladas en el Mapa de cultivos.